Le notizie in questione riguardano il versamento delle decime dovute alle diverse parrocchie locali e ritroviamo un accenno alla stessa chiesa in una "Santa Visita" del 1561 in cui ne veniva denunciato il totale stato di abbandono ed incuria.

Nel 1750 dopo il crollo del soffitto della struttura in località "Caselle", la chiesa fu spostata a Gargani presso la parrocchia esistente di Santa Maria delle Grazie, situata attualmente in via Sant'Agnello. Nel 1805 fu portata in processione da Napoli l’attuale Statua del nostro caro Santo che fu gentilmente devoluta dalla Sig.ra Maria Montana in Lanza. La processione passò per molti paesi, all’arrivo in parrocchia la Statua fu accolta da tutte le Associazioni e dai parrocchiani in festa.

Nel 1904 fu inaugurato il patrocinio di Sant’Agnello sulla comunità. L’attuale chiesa fu voluta fortemente dal parroco don Andrea Manzo che sentì l’esigenza di edificare una nuova chiesa in grado di offrire una maggiore ospitalità ai numerosi fedeli che di anno in anno partecipavano alla festa patronale. La decisione fu presa nel 1905 insieme al "Circolo S. Agnello" e i lavori iniziarono con la posa della prima pietra nel novembre 1907 e terminarono nel 1914.

Nel 1919 il parroco don Domenico Taliento cominciò l’edificazione di una torre campanaria usando come fondi per la costruzione i proventi derivati dalle entrate ordinarie e dalle offerte degli immigrati in america. Nel frattempo nel 1921 il "Circolo S. Agnello" si costituisce in associazione col nome di "Associazione Sant'Agnello Abate" tutt’ora esistente. Per la torre campanaria i fondi  non bastarono e per pagare il debito con l’impresa costruttrice  lo stesso parroco don Domenico Taliento si impegna  a versare la somma del debito. Nel 1932 restando ancora altro denaro da versare il parroco prima impegna e poi vende definitivamente circa 560 gr. di oro appartenenti al Santo Patrono.

Il campanile fu portato a termine presumibilmente nel 1936 e secondo testimonianze dell’ epoca il parroco visse fino alla sua morte con una modesta pensione in quanto gran parte fu pignorata per l’estinzione del debito. Per circa 50 anni non si hanno notizie rilevanti che riguardano la chiesa. Nel 1985  venne ricostituita l’ Associazione Sant'Agnello Abate per volere del parroco don Luigi De Riggi, la prima riunione fu convocata il 14 Dicembre del 1985 con la consegna delle tessere di iscrizione. Dopo circa quindici giorni  l'Associazione insieme con il parroco decise di ristrutturare la chiesa in quanto questa era danneggiata in diversi punti da infiltrazioni di acqua.

I lavori di restauro iniziarono nel febbraio del 1986 e si conclusero nel maggio della stesso anno con la consacrazione dell’altare maggiore. Nel novembre 1986 fu meccanizzato il sistema campanario e furono installate la terza e la quarta campana, in quello stesso periodo con decreto vescovile la parrocchia diventa ufficialmente Santuario diocesano. In seguito al distacco di una parte dell’intonaco del soffitto nel 1996, la chiesa fu dichiarata inagibile per cui furono fatte diversi interventi per la messa in sicurezza.

Fu ritenuto opportuno sostituire il quadro del soffitto danneggiato raffigurante il Santo con uno nuovo dal titolo "La gloria di Sant'Agnello" che fu installato con una solenne cerimonia nel 1997. Nel 2004 la comunità di Gargani riceve la visita della Madonna Pellegrina di Fatima, questo avvenimento fu celebrato con una settimana di messe solenni e festeggiamenti in onore della Madonna.

Nel 2005 in occasione del bicentenario del suo arrivo, la statua fu sottoposta a restauro da cui tornò con l’antico splendore. Il ritorno in parrocchia fu accompagnato con una settimana di processioni e feste in tutto il territorio parrocchiale, infatti ogni giorno era prevista la sosta della processione in una località diversa dove poi veniva celebrata anche la Santa Messa, quasi a ricalcare l’arrivo della statua del 1805.

Arrivando da Napoli è possibile prendere l'autostrada A16 (Napoli-Canosa) fino all'uscita Nola e seguire poi le indicazioni per Roccarainola. Una volta raggiunta la frazione Gargani, si troveranno le indicazioni per il santuario.

L'ingresso del Santuario è privo di scale è risulta accessibile a tutti.

L'accesso alla chiesa è principalmente durante le messe, gli orari potrebbero variare.